O Período Colonial iniciou em 1530, com vinda de Martim Afonso de Souza ao Brasil, com a missão de realizar expedição colonizadora do litoral brasileiro, visando implantar vilas, dividir lotes de terras para os donatários explorarem metais preciosos e cultivar cana-de-açúcar. 

 No período colonial, iniciado em 1530, no Brasil estava em vigor o regime jurídico estatuído pelas Ordenações Manuelinas, editadas em 1521, em substituição às Afonsinas, que promoveram poucas mudanças quanto a proteção dos recursos naturais, manteve apenas a proibição de caça de alguns animais, a introdução do conceito de zoneamento ambiental, e a imposição de penalidades para o corte de plantas frutíferas.

 Em substituição as Manuelinas, foram editadas em 1603, pelo rei D. Felipe III, rei da Espanha, as Ordenações Filipinas à época Portugal estava sob o domínio espanhol, as.

 As Ordenações Filipinas ou Código Filipino, resultou da reforma do Código Manuelino, mantendo a pena de degredo para o Brasil, o corte de árvores frutíferas com valor de 30 cruzados e proibia descartar nos recursos hídricos qualquer substância que matasse os peixes. Manteve também a proteção de determinados animais, e a proibição de pesca com determinados equipamentos e em determinados locais.

 O Código Filipino evoluiu em relação aos anteriores (Afonsino e Manuelino), destacou-se em obras públicas com a construção de calçadas, pontes, chafarizes, poços e incentivo ao plantio de árvores em terrenos baldios.

 O período Colonial se estendeu até 1822, durante o qual o território brasileiro sofreu profundas e significativas transformações advindas da exploração do pau-brasil, mineração de metais preciosos, cultivo da cana-de-açúcar, cafeeiro, pecuária etc. tendo como consequência a degradação ambiental descontrolada.  A ocupação territorial era com base nas Capitanias Hereditárias e Sesmarias, que consolidavam o domínio territorial e expandiam a agricultura.

Desde o descobrimento do Brasil o desenvolvimento foi bastante exploratório, iniciando com a exploração dos recursos naturais, sem o mínimo de racionalidade, no aproveitamento das riquezas, a exemplo de desperdício de madeira, subutilização de áreas, etc. Para a coroa portuguesa a grande extensão de recursos naturais era ilimitada.

No período colonial foram estabelecidas várias normas, disciplinando o corte de pau-brasil e determinavam punição para o desperdício de madeira, entre as quais: a Carta Régia, Carta de Regimento e o Regimento do Pau-Brasil.

 Essas normas foram editadas com a finalidade de manter o domínio da coroa portuguesa sobre as riquezas naturais do Brasil, principalmente em consequência da redução dos estoques florestais e dos preços alcançados pela madeira no comércio europeu.

 A primeira legislação é a Carta Régia de 1542, determinando normas para o corte e uso do pau-brasil, garantiam o controle dos portugueses.

D. Felipe com a edição da Carta Regimento, estabeleceu um zoneamento e delimitou as áreas de matas protegidas, considerada como iniciativa conservacionista, marco inicial do estabelecimento de áreas protegidas em lei. Nessa época o domínio sobre a Coroa Portuguesa e consequentemente sobre o Brasil era espanhol.

Entre 1580 e 1640, com a União Ibérica, unificação dos reinos de Espanha e Portugal, o reino português esteve sob domínio espanhol com a morte do rei Dom Sebastião rei de Portugal que não tinha filhos.

A caça de baleias no Brasil remonta à época colonial, desenvolvida principalmente nas antigas armações baleeiras da Bahia, Rio de Janeiro e Santa Catarina. Em 1603, o rei Filipe II deferiu carta régia regulamentando a caça de baleias na costa brasileira aos navegadores portugueses durante 10 anos. Posteriormente, o monopólio da pesca da baleia nos mares brasileiros passou a ser propriedade da Coroa portuguesa.

 No início, a pesca de baleias era realizada com arpões, os alvos preferenciais foram a baleia jubarte (Megaptera novaeangliae), a baleia branca (Delphinapterus leucas), também chamada beluga ou beluca e a cachalote (Physeter macrocephalus), que eram mais lentas.

 Em 1603, através das Ordenações Filipinas foram editadas duas importantes normas visando a proteção do meio ambiente, das quais, uma proibiu o descarte de materiais prejudiciais aos peixes em rios e lagoas e estabeleceu a lista de árvores reais protegidas; a outra além de reiterar a tipificação pelo corte de árvores frutíferas, estabeleceu proibições de pesca em determinados locais, períodos do ano e com certos instrumentos.

 A primeira legislação florestal do país, o Regimento Pau Brasil foi aprovado em 12 de dezembro de 1605. O Regimento dispôs sobre permissões especiais para o corte e exploração do pau-brasil e estabeleceu o direito de uso sobre as árvores e não sobre as terras, destinou reservas florestais para Coroa, proibindo o uso agrícola. Esse regimento foi importante até 1875 com a entrada da anilina no mercado.

D. Filipe, através do Regimento Pau Brasil, editado em 1605, estabeleceu condições para sua exploração, constituindo-se na primeira manifestação legal de proteção à cobertura florestal em solo brasileiro.

Em 1638, um Edital estabeleceu a obrigatoriedade de consórcio para o cultivo de cana de açúcar com a mandioca. Neste mesmo ano é implantado o primeiro jardim botânico e também um zoológico em Recife/PE.

Em 1641 foi proibido o corte de cajueiros (Anacardium ocidentale L.). Na sequência, em 1642 proibiu-se o lançamento de bagaço de cana de açúcar em rios e açudes. Essas decisões foram tomadas por Nassau durante a ocupação holandesa em Pernambuco.

A Coroa portuguesa instituiu, em 19 de abril de 1702, o Regimento do Superintendente Guarda Mores e Oficiais para as Minas de Ouro, estabelecendo a autoridade real na administração da atividade mineradora.

Esse Regimento, mantido com algumas alterações até o Império, criou o cargo do Intendente das Minas, com atribuições que não dependiam das demais autoridades coloniais, porém obedecia e prestava contas ao governo. Entre as múltiplas funções do administrador, a mais importante era cobrança do imposto denominado quinto, correspondente a 20% da produção para Portugal.

Foi abolida a escravidão indígena na América Portuguesa em 1758. Em 1760, um Alvará real de D. José I, expediu um alvará para a proteção dos manguezais, proibindo o corte das árvores que tinham as cascas utilizadas no curtimento de couros.

A Coroa portuguesa, em 1786, criou a figura de Ouvidor e Juiz Conservador das Matas.  A edição de Cartas Régias estabeleceu restrições e um regulamento rigoroso, detalhado sobre o uso, corte e comercialização de madeiras nobres como o pau-brasil, cedro, mogno e outras.

Entre 1797 e 1799, essas Cartas Régias objetivaram a proteção da indústria naval portuguesa, em face da falta de madeiras no Arsenal Real da Marinha de Lisboa, inviabilizando a construção de navios de guerra.

Com o avanço da exploração florestal ao longo da costa, foram escasseando as espécies de maior valor econômico, surgindo a necessidade de estender a exploração vegetal para o interior, com minuciosas normas, cujo o descumprimento, o infrator recebia a pena de degradado, durante dois anos fora da comarca. 

A Carta Régia editada em 1797 determinou a necessidade de proteção a rios, nascentes e encostas, passando os mananciais para o domínio da Coroa.

          Foi outorgado um regimento sobre o Corte de Madeira no Brasil, a 11 de julho de 1799, com a finalidade de atuar sobre a exploração das matas e florestas, estabelecendo regras sobre derrubada das árvores, desde os sistemas de corte até a comercialização da madeira, além de outras restrições.